Se você estiver usando scripts bash para instalar mysql-server, então você pode bater em uma parede porque o processo de instalação dispara um prompt para a senha de root. Veja como você pode evitar isso.
echo mysql-server mysql-server/root_password password dingo | sudo debconf-set-selections
echo mysql-server mysql-server/root_password_again password dingo | sudo debconf-set-selectionsdingo sendo a senha que você deseja definir. Inclua esse snippet em seu script bash e instale o mysql.