Depois de instalar os cabeçalhos do Linux usando
sudo apt-get install linux-headers-$(uname -r)
Você ainda pode ter um problema com os cabeçalhos do Linux não foram encontrados, isso pode ser corrigido usando
sudo ln -s /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/generated/uapi/linux/version.h /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/linux/version.h
Isso ocorre porque o script de configuração do vmware está procurando por version.h no local errado, a criação do link simbólico resolve o problema.
Também vale a pena notar que toda vez que você fizer uma atualização do kernel, ou seja, subir a versão do ubuntu, você precisará executar novamente o script de configuração.