Você tem que usar $ compile.
Por exemplo, aqui, eu insiro um novo código html que contém a diretiva angularjs (var fieldValue) em uma nova célula de uma tabela.
var newCell = tblBodyObj.rows [i] .insertCell (posição);
$ (newCell) .append ($ compile (fieldValue) ($ scope));
$ compile (fieldValue) ($ scope) retorna um objeto e você pode anexá-lo ao dom.