Crie uma estratégia de nomenclatura de acordo com a documentação do Doctrine2:
http://docs.doctrine-project.org/projects/doctrine-orm/en/latest/reference/namingstrategy.html
Registre essa classe como um serviço e faça referência a ela em seu config.yml da seguinte forma:
orm:
default_entity_manager: em1
entity_managers:
em1:
mappings:
YamlBundle: ~
naming_strategy: my_bundle.naming_strategy.default