Há casos raros em que a equipe decide colocar alguns dos arquivos relacionados ao projeto IDE no repo. Mas alguns deles podem ser modificados pelo IDE ou pessoalmente e incomodar o desenvolvedor a cada commit. Aqui encontrei uma maneira de ignorar arquivos além de modificar .gitignore :
$ git update-index --assume-unchanged <path-to your files>
para desfazer, basta fazer:
$ git update-index --no-assume-unchanged <path-to your files>
encontrado aqui -> https://help.github.com/articles/ignoring-files#ignoring-versioned-files
referência do documento aqui -> http://git-scm.com/docs/git-update-index.html