O MongoDB escolhe automaticamente qual índice usar em consultas determinadas, mas você pode especificar qual índice deseja que o mongoDB use.
Para especificar o índice, você pode usar o método hint () após sua consulta:
db.users.find().hint({name:1})Você pode forçar o mongo a não usar nenhum índice também:
db.users.find().hint({$natural:1})