ino é uma ferramenta de linha de comando incrível para o arduino, você deve usá-la.
A versão atual 0.34 tem problemas para detectar um arquivo de configuração ( avrdude.conf ) quando você tenta enviar seu projeto via ino upload, para corrigir, basta criar o link simbólico:
> sudo su -
> mkdir -p /usr/share/arduino/hardware/tools
> ln -s /etc/avrdude/avrdude.conf /usr/share/arduino/hardware/tools/avrdude.conf