Usando ExtendScript Toolkit, você pode criar scripts para uso no Photoshop, InDesign e Illustrator. A documentação não é muito boa, mas se você quiser salvar a seleção como PNGs transparentes separados, use isto:
var prefixFilename = prompt("Filename:", "layer");
for ( var i = 0; i < app.selection.length; i++ )
{
var myFile = File("~/Desktop/"+prefixFilename+"-"+i+".png"); // Works on Mac. Use another path for Windows
app.selection[i].exportFile(ExportFormat.PNG_FORMAT, myFile, true);
}
Para salvar a seleção como JPGs separados, use este:
var prefixFilename = prompt("Filename:", "layer");
for ( var i = 0; i < app.selection.length; i++ )
{
var myFile = File("~/Desktop/"+prefixFilename+"-"+i+".jpg"); // Works on Mac. Use another path for Windows
app.selection[i].exportFile(ExportFormat.JPG, myFile, false);
}