Sua hospedagem está com pouco espaço em disco, quando você encontra o culpado, são os arquivos nas pastas .git.
Portanto, se você não precisa mais dos arquivos git, veja como fazer a limpeza.
Faça login no shell do seu servidor e escreva:
find . | grep .git | xargs rm -rf
Isso deve fazer o trabalho e podemos ganhar mais espaço livre.