No Git versão 1.6.1, existem opções –ours e –theirs para manter apenas a versão local ou remota de um arquivo com conflito de mesclagem.
git checkout --ours <file_name>
git checkout --theirs <file_name>
Muito simples de usar!
Respostas relacionadas:
fatal: recusar-se a mesclar histórias não relacionadas