Isso funciona até mesmo para tabelas com restrições (relacionamentos de chave estrangeira). Como alternativa, você pode simplesmente descartar o banco de dados e recriá-lo, mas pode não ter permissão para fazer isso.
mysqldump -u[USERNAME] -p[PASSWORD] --add-drop-table --no-data [DATABASE] | grep -e '^DROP | FOREIGN_KEY_CHECKS' | mysql -u[USERNAME] -p[PASSWORD] [DATABASE]