Diferença entre 2 matrizes JavaScript

Se o (s) seu (s) navegador (es) de destino suportam filtere indexOf(essencialmente IE9 +):

Array.prototype.diff = function (a) {
    return this.filter(function (i) {
        return a.indexOf(i) === -1;
    });
};

Então o uso é tão simples como:

[1, 2, 3, 4, 5, 6].diff([2, 4, 6]);
// => [1, 3, 5]