Bom artigo sobre como desfazer mesclagens:
http://git-scm.com/2010/03/02/undoing-merges.html
Resumo
Desfazer uma mesclagem sem perder o histórico
$ git revert -m 1 [sha_of_merge_commit]
Finished one revert.
[master 88edd6d] Revert "Merge branch 'myBranch'"Para fundir novamente esse branch, precisamos reverter a reversão da fusão
$ git revert 88edd6d
[master 268e243] Revert "Revert "Merge branch 'myBranch'""E opcionalmente re-fundir aquele branch novamente se ele tiver novos commits
$ git merge myBranch