Comecei a usar um cluster de marcadores do google maps há algum tempo http://google-maps-utility-library-v3.googlecode.com/svn/trunk/markerclustererplus/docs/reference.html e usei meus próprios marcadores estendendo Googles OverlayView
this.extend (CustomMarker, google.maps.OverlayView);
agora aconteceu que isso era incrivelmente lento com cerca de 3.000 marcadores. Eu vi outros sites renderizando mais de 3000 marcadores e eles eram rápidos.
Para ser breve. Esteja ciente do fato de que as ferramentas de desenvolvedor do Chrome podem ter um impacto enorme no desempenho. então, fechar as ferramentas de desenvolvimento lhe dará uma dica se você está lidando com um problema de desempenho ou apenas com as ferramentas abertas