Para desativar o aviso, use o comando xattr delete:
xattr -d -r com.apple.quarantine /application/path/here
Baixei o Firefox do Chrome e recebi o aviso “aplicativo baixado da internet” toda vez que abri o Firefox. Para me livrar do aviso, executei o seguinte comando no terminal:
sudo xattr -d -r com.apple.quarantine /Applications/Firefox.app
O comando xattr gerencia atributos em arquivos. O sinalizador -d indica que o atributo com.apple.quarantine deve ser excluído. O sinalizador -r indica que o atributo deve ser removido recursivamente de todos os arquivos no diretório designado.
Agradecimentos aos Fóruns da Apple: https://discussions.apple.com/message/9424505