Se você não estiver usando o gnome ou o xfce, mas tiver alguns aplicativos gtk instalados, poderá definir suas preferências de tema ~/.gtkrc-2.0
desta forma:
# ~/.gtkrc-2.0
gtk-can-change-accels = 1
gtk-icon-theme-name = "Faenza-Dark"
gtk-theme-name = "Zukitwo"
style "user-font"
{
font_name="Terminus 12"
}
widget_class "*" style "user-font"
gtk-font-name = "Terminus 12"
Mas com o gtk 3.0 isso mudou. Você sabe que tem que editar o arquivo ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
que ficará assim:
[Settings]
gtk-application-prefer-dark-theme = false
gtk-theme-name = Zukitwo
gtk-fallback-icon-theme = gnome
gtk-icon-theme-name = Faenza-Dark
gtk-font-name = Terminus 12
Para evitar diferenças visuais, você deve escolher o mesmo (se possível) ou um tema semelhante para gtk3 e gtk2.