De dentro do vim:
:w !gpg -c -o myfile.txt.gpg
Ou adicione um comando ao seu .vimrc
:
command -nargs=1 WriteEncrypted w !gpg -c -o <q-args>
Então você pode simplesmente digitar:
WriteEncrypted myfile.txt.gpg
Explicação detalhada dos parâmetros aqui:
http://jasonseney.com/post/18646147210/open-edit-save-encrypted-files-with-vim-and-gpg