Você já escreveu um conjunto de testes de javascript apenas para que seja interrompido por diálogos de confirmação em seu código? Detestável hein?
Ignore-os eliminando com o valor que você deseja que o usuário escolha, verdadeiro / falso.
spyOn(window, ‘confirm’).andReturn(false);ou
spyOn(window, 'confirm').andReturn(true);feliz teste …