Fiz o upgrade para WP 3.5, tentei fazer uma atualização automática de um plugin e foi imediatamente atingido com um erro:
[...] PCLZIP_ERR_MISSING_FILE(-4) [...]
Adicionei o seguinte ao meu arquivo wp_config.php:
define('WP_TEMP_DIR', ini_get('upload_tmp_dir'));
putenv('TMPDIR=' . ini_get('upload_tmp_dir'));
Fixo.