Para acompanhar a contagem de palavras no LaTeX, sem levar em conta as tags, estou usando o seguinte comando de alias:
alias countTex ='clear;texcount -total -q -col -sum *.tex'
Basta adicionar a linha acima em seu arquivo. * Rc e você poderá obter uma estimativa muito precisa da contagem de palavras em arquivos .tex.
No exemplo abaixo, estou usando para fazer uma contagem de palavras da minha tese, que está dividida em capítulos diferentes. Você ainda obtém uma divisão da contagem de palavras por arquivo.