Se o seu master local divergir do branch master (Github), esta é uma maneira de resolver o que o aflige:
$ git rebase origin/master
Isso fará o esperado retrocesso + patch suas alterações no topo. Mas se as coisas divergiram a ponto de não poderem ser reconciliadas, talvez você precise explodir suas mudanças locais. Você pode fazer assim:
$ git reset --hard origin/master
E seu galho se foi! Vamos torcer para que o Github diga a verdade.