Configurando a exibição secundária com Gnome3 e Fedora 21/22

Supondo um laptop com uma resolução HiDPI de 2880×1620 e uma tela secundária de 1920×1080, isso é o que você precisa fazer para configurar a tela secundária para ficar à esquerda da tela do laptop:

xrandr --output [VGA1|HDMI1|HDMI2] --auto --pos 0x0 [--scale 2x2] --output eDP1 --auto --pos 3840x0

Para que o mesmo fique do lado direito:

xrandr --output eDP1 --auto --pos 0x0 --output [VGA1|HDMI1|HDMI2] --auto --pos 2880x0 [--scale 2x2]