Você pode ignorar (gitignore) um arquivo de configuração crítico em um projeto público porque você estava verificando as senhas por engano. Se você ignorar o arquivo, ainda precisará adicionar o arquivo ao projeto porque outras pessoas podem saber que precisam da configuração, mas você não deve esperar que eles se lembrem de como criar a configuração complexa quando clonarem seu projeto. Force o commit de um template para o arquivo de configuração (sem senhas) para que eles possam construir e executar seu projeto.
$ git -a --force src/main/resources/config/application-dev.yml
O ignorar ainda será respeitado, mas você ainda terá uma configuração de modelo devidamente formatada para uso de outros.