Você configura sua máquina Jenkins usando Chef, RightScale ou Puppet? Você já tentou fazer o Jenkins se conectar ao GitHub para obter as alterações, mas precisa aceitar manualmente o host SSH toda vez que reiniciar sua máquina?
Basta adicionar o equivalente a um script de inicialização:
$ echo -e "Host github.comn StrictHostKeyChecking=no" > ~<Jenkins user>/.ssh/config