Se você tentar compilar uma biblioteca como fftw3 em um Linux de 64 bits, o configure certamente irá falhar!
Isso ocorre porque o compilador precisa de duas bibliotecas pré-instaladas em 64 bits, mas precisa delas com compatibilidade de 32 bits para funcionar no Android.
Então tudo que você precisa fazer é:
</> sudo apt-get install lib32stdc ++ 6
</> sudo apt-get install lib32z1-dev
E BOOM, seu configure será executado com sucesso, e muito provavelmente a chamada subsequente para make e make install também será.