Nota, veja o título? Por favor, não implante páginas da web com FTP, use algum tipo de sistema de controle de versão e automatize isso com um sistema de compilação, existem muitos deles!
Então, a tela do meu antigo computador quebrou e eu precisava de alguns arquivos dela. Eu não conseguia ver nada, mas sabia como abrir um terminal e digitar comandos (outra razão para você aprender alguns scripts).
Do meu computador antigo, colocando meus arquivos recursivamente:
scp -r ~/path/to/dir/* user@ftp.domain.com:/home/u/user/folder/Do meu novo computador, obtendo meus arquivos recursivamente:
sftp user@ftp.domain.com
cd folder
get -r *Ai está. Ele irá obter todos os arquivos da pasta atual que você está. Use! Ls para ver onde fica.
: wq