Usando as opções do Chrome Dev Tools (Mostrar retângulos pintados), consegui descobrir que, ao alterar a opacidade para os estados de foco de um elemento, faz com que o navegador repinte o elemento:

div { opacity: 0; -webkit-transform: translateZ(0); }
div:hover { opacity: 1; }

mas ao usar pontos flutuantes para a opacidade, a repintura não será acionada, melhorando o desempenho da página.

div.one { opacity: 0.01; -webkit-transform: translateZ(0); }
div.one:hover { opacity: 0.99; }

Você pode testá-lo aqui (certifique-se de que a opção Mostrar retângulos de pintura está habilitada)

ATUALIZAR

Verifique o comentário @darsain abaixo e veja o que há de errado com essa abordagem.