Se você precisar desabilitar o clique com o botão direito na Área de Trabalho Gnome, por qualquer motivo (a minha foi para uma área de trabalho PDV), basta executar este código como o usuário que precisa desabilitar o clique:
gconftool-2 --type bool --set /apps/nautilus/lockdown/disable_context_menus 1
Se você precisar que isso aconteça toda vez que o usuário fizer login, ou para qualquer usuário no sistema, basta adicionar o comando a um script em /etc/profile.d