No MySql, se você armazenar dados codificados em utf8 em um conjunto de caracteres latin1, você terminará com saída utf8 codificada duplamente ao consultar o banco de dados com conjunto de caracteres definido como utf8, tê-lo definido como latin1 resolveria o problema, mas isso causaria problemas para novos dados inseridos.
A solução é reverter a codificação dupla, convertendo os conjuntos de caracteres das colunas afetadas de latim para binário e de volta para utf8.
Exemplo:
ALTER TABLE `MyTable` Modify `Title` text CHARACTER SET latin1;
ALTER TABLE `MyTable` Modify `Title` text CHARACTER SET binary;
ALTER TABLE `MyTable` Modify `Title` text CHARACTER SET utf8;