Primeiro
git clone git@github.com:whatever folder-name
Segundo
Clonar repo, criar pasta, mover o conteúdo do repo (incluindo .git dir) para a pasta criada. Por exemplo:
git clone git@github.com:whatever
mkdir mycooldir
cp -r whatever/* mycooldir/
Terceiro
Crie um diretório para armazenar seus repositórios git. Por exemplo
mkdir ~/repos
Clone seu repo git em uma pasta com um nome específico:
git clone git@github.com:whatever folder-name
Crie um link de símbolo no local, onde deveria estar. Por exemplo, se for um tema wordpress:
cd ~/data/www/wordpress/wp-content/themes/
ln -s ~/repos/mycooltheme