Se sua TI interna muda links para sites usados com frequência, você geralmente precisa atualizar seus favoritos. É uma etapa, mas a história não será afetada. Para mudar tudo, tudo que você precisa é um regex:
# close Safari!
cd ~/Library/Safari
cp Bookmarks.plist History.plist ~ # make a backup!!
# convert to readable
plutil -convert xml1 Bookmarks.plist
plutil -convert xml1 History.plist
# change with regex
sed -e 's/our.old.url/my.new.url/' -i.orig Bookmarks.plist
sed -e 's/our.old.url/my.new.url/' -i.orig History.plist
# check
diff Bookmarks.plist.orig Bookmarks.plist
diff History.plist.orig History.plist
# if ok, convert back
plutil -convert binary1 Bookmarks.plist
plutil -convert binary1 History.plist
Reinicie o Safari. Se algo deu errado, reinstale seus arquivos de backup, é para isso que eles servem.
Veja também: https://gist.github.com/3224919