Infelizmente, quando você tem uma grande base de código no Sublime Text e está regularmente trocando de branches do git, a lista de arquivos do projeto realmente luta para detectar mudanças e atualizar a lista de arquivos.
Eu costumava clicar no menu do projeto e clicar em “atualizar pastas”.
Você pode adicionar um atalho de teclado para tornar isso um pouco mais fácil adicionando o seguinte em “Key Bindings – User” nas preferências;
{ "keys": ["f5"], "command": "refresh_folder_list" }
Isso torna F5 a chave para atualizar as pastas.