Use esta função para gerar o contexto AlertDialog para que o tema permaneça constante.
public Context getThemedContext() {
Context themedContext;
if (android.os.Build.VERSION.SDK_INT >=
Build.VERSION_CODES.HONEYCOMB) {
themedContext = this;
} else {
themedContext = new ContextThemeWrapper(this,
android.R.style.Theme_Dialog);
}
return themedContext;
}