Para adicionar mais de um caminho ao php include_path, você precisa usar dois pontos como separador.
Por exemplo:
include_path = ".:/usr/share/php:/home/ZendFramework-1.12.3/library"
Eu adicionei 3 caminhos:
- . (caminho atual)
- / usr / share / php
- /home/ZendFramework-1.12.3/library