Acessar índices de array bidimensionais no template Meteor

Primeiro, você precisará de um método auxiliar:

Handlebars.registerHelper('each_with_index', function(cursor, options) {
    var fn = options.fn, inverse = options.inverse;
    var ret = "";
    var idx = 0;
    cursor.forEach(function(item){
          idx++;
      console.log(item.index);
          item.index = idx;
          ret+=fn(item);
     });
     return ret;
 });

Então você precisará disso para a primeira matriz:

{{#each_with_index YOUR_ARRAY}}
    {{index}}

E dentro disso, para o segundo, você precisará:

{{#each_with_index YOUR_ARRAYS_ARRAY}}
    {{index}} // First index
    {{../../index}} // Parent index

Grite se isso é bobagem.