Para criar um banco de dados em tempo de execução do php:
$conn = new Mongo('serverConnectionString');
criar um banco de dados
$db = $conn->selectDB("dbName");
no primeiro comando, como adicionar uma coleção a esse banco de dados, irá iniciar a criação
$db->command(array("create" =>"newCollectionName"));
também a segurança às vezes é necessária para:
$db->selectCollection("system.users");
$db->insert(array('user' =>"username", 'password'=> md5('password'),'readOnly' => false));