Obtenha uma lista de arquivos com conflitos

# ~/.gitconfig
[alias]
  cnf = !git ls-files -u | cut -f 2 | sort -u

Agora você pode:

$> git cnf
app/controllers/application_controller.rb
app/models/user.rb

Eu também uso o vim, então frequentemente abro todos os conflitos com:

$> vim -o $(git cnf)