Com este código jQuery simples, você pode desaparecer no seu site durante o carregamento. Por padrão, o processo de desvanecimento é definido para 500 milissegundos, mas você pode alterar isso para o que for adequado às suas necessidades.
$(document).ready(function(){
/*! Fades in page on load */
$('body').css('display', 'none');
$('body').fadeIn(500);
});