Eu prefiro o P4Merge ao KDiff3: mais simples, mais agradável aos olhos.
Eu escrevi um pequeno script de wrapper para melhor integrar Git e P4Merge junto com as instruções de instalação: http://pempek.net/articles/2014/04/18/git-p4merge/
Agora, você pode se beneficiar de uma experiência git difftool/ unificada git mergetoolem Windows, Mac e Linux.