Eu amo as páginas do github, mas manter o README do seu projeto independentemente da página index.html das páginas do github é uma fonte de frustração.
Corrigi o problema com um script simples que sincroniza README.md do branch master com o index.md no branch gh-pages.
Aqui está como eu publico um README.md na página estilizada do projeto.
$readme2ghpage
Fácil né?
readme2ghpage é um script Ruby simples que executa o seguinte.
* Checkout the gh-pages branch
* Checkout the README.md file from master
* Convert the README.md to index.md
* add Jekyll front matter
* change backticks to Liquid extension for syntax
* update headers so they are linkable
* Remove the README.md
Aqui está o script. https://gist.github.com/2967061
Aproveitar!
Acho que o Github deve focar seus temas de página gh no direcionamento da saída do Markdown, em vez de gerar o próprio HTML.
Estou ansioso para ver o Gitub ter uma solução sólida para isso.