Está tendo problemas com firewalls bloqueando seus usuários do novo servidor websocket que você configurou na porta 3000? Não é possível colocar na porta 80 porque é onde você está usando isso para HTTP com o Apache? Não pode ser questionado com módulos ou alternando para o Nginx?
Solução rápida e fácil: Configure o HAProxy (um balanceador de carga) para apontar diferentes subdomínios para portas diferentes internamente. Por exemplo:
http://ws.mydomain.com:80 -> http://mydomain.com:3000
http://www.mydomain.com:80 -> http://mydomain.com:8080
Problema resolvido 🙂 funciona muito bem com socket.io também.