Desde a versão 5.3 o PHP introduziu um coletor de lixo para lidar com o problema de vazamentos de memória para grandes scripts (um recurso bem conhecido para desenvolvedores C)
É muito fácil de usar e economizará muita memória para seus scripts em lote.
Apenas ligue
gc_enable();
e você está pronto.
Você também pode forçar a coleta de qualquer ciclo de lixo existente usando
gc_collect_cycles();
Leia mais sobre os Ciclos de coleta aqui:
http://php.net/manual/en/features.gc.collecting-cycles.php