Para desligar o bipe e o flash de erro no Vim, faça o seguinte:
set visualbell
set t_vb=Isso pode ser abreviado como set vb t_vb=.
Definir a campainha visual desliga a campainha de áudio e limpar a duração da campainha visual desativa o piscar.
Veja a documentação do Vim na Wikia para uma explicação mais detalhada.