Isso acontece quando git pull é executado antes de criar um commit e enviá-lo. O pull faz uma busca + mesclagem do código mais recente da origem e mescla o seu.
Evitar isso pode ajudar a tornar o registro mais claro e fácil de revisar. Faça isso:
# download the latest commits
git remote update -p
# update the local branch
git merge --ff-only @{u}
# if the above fails with a complaint that the
# local branch has diverged:
git rebase -p @{u}
Cuidado: git rebase pode não fazer o que você espera, então revise os resultados antes de enviar. Por exemplo:
git log --graph --oneline --decorate --date-order --color --boundary @{u}..
Fonte e mais explicações sobre o problema e estes comandos: http://stackoverflow.com/a/6406947/694629