Se você precisa rastrear um diretório vazio, mas não precisa que o conteúdo seja rastreado, você pode colocar isso em um .gitignore no diretório específico;
*
! .gitignore
Se você precisa que o diretório vazio seja rastreado para começar, e depois o conteúdo, basta colocar um .gitkeep no diretório 🙂