Use find para alterar as permissões para alguns arquivos

Você pode usar o comando find com a opção -exec para alterar as permissões para alguns arquivos.
Aqui estão alguns exemplos:

Usar

find . -type d -exec chmod a+rx {} ;

para adicionar permissão de leitura (lista) e acesso ao diretório atual e todos os subdiretórios,

find . -name "*.php" -exec chmod a+x {} ;

para adicionar permissão de execução a todos os arquivos php.