A migração de termos de taxonomia usando o módulo migrate_d2d tem algumas “pegadinhas”. O principal é a estrutura dos termos conforme aparecem na linha de origem.
Esta postagem explica minha experiência com isso e o código resultante que me ajudou a superar isso. A principal coisa;
<?php
// Source row.
$row->{$destination_vid} = array(
$source_tid1,
$source_tid2,
$source_tid3,
);
?>